Ibu kota Papua Pegunungan berkedudukan di Kabupaten Jayawijaya, tepatnya di perbatasan Walesi dan Wouma. Papua Pegunungan dimekarkan dari provinsi Papua bersama dua provinsi lainnya yakni Papua Selatan dan Papua Tengah pada 30 Juni 2022 berdasarkan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2022. Sebelumnya nama usulan provinsi ini bernama "Provinsi Papua Pegunungan Tengah". Papua Pegunungan adalah provinsi pertama dan satu-satunya di Indonesia yang tidak memiliki garis pantai (terkurung daratan).
Untuk melihat nama-nama Kecamatan dan Kelurahan, Desa di Papua Pegunungan, klik pada nama Kabupaten/Kota
Provinsi Papua Pegunungan memiliki total jumlah Kabupaten/Kota 8, Kecamatan 252, dan Kelurahan/Desa 2627.